„Elbląg. Historia ukryta pod ziemią” to historia miasta widziana oczami archeologów. Ekspozycja ukazuje fragment wykopalisk archeologicznych, którymi do niedawna była cała elbląska starówka. Jak wygląda odkrywanie średniowiecznego miasta? Co o jego przeszłości mówią odnajdywane artefakty? W jaki sposób archeolodzy odczytują informacje ukryte w zabytkach i kto im w tym pomaga? Poprzez prezentację często bardzo niepozornych znalezisk ekspozycja odkrywa przed zwiedzającymi tajemnice pracy archeologów. Na wystawie można oglądać ponad 100 nieprezentowanych dotąd zabytków, bez których zrekonstruowanie historii i życia dawnego Elbląga nie byłoby możliwe.