W muzeum trwają prace związane z założeniem ogrodu zielnego – lapidarium i herbarium – w ramach projektu “Museums over the borders. Stage II”, dofinansowanego ze środków Unii Europejskiej, z Programu Współpracy Transgranicznej Polska-Rosja 2014-2020.

Na skraju muzealnego dziedzińca, w pobliżu muru oddzielającego teren muzeum od Biblioteki Elbląskiej, wykonane zostaną nasadzenia ziół i innych roślin, które od wieków stosowane są w medycynie naturalnej i być może hodowane były niegdyś na terenie elbląskiego Gimnazjum.

Ogród powstaje z inspiracji kustosz Wiesławy Rynkiewicz-Domino (1958-2021).

Przedsięwzięcie zostało zrealizowane w ramach projektu Museums over the borders – Stage II, dofinansowanego ze środków Unii Europejskiej, w ramach Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa.